Wenn glutenhaltige Getreide derartige Beschwerden bereiten, können allerdings auch andere Erkrankungen dahinterstecken. Zur sicheren Abgrenzung ist eine ärztliche Differenzialdiagnose notwendig.
So reagiert das Immunsystem bei einer Weizenallergie auf an sich harmlose Bestandteile des Weizens. Betroffene müssen sich deshalb zwar weizenfrei ernähren, können jedoch meist problemlos andere glutenhaltige Getreidesorten verzehren.
Bei einer Gluten-/Weizensensitivität gehen die Beschwerden mit einer Überempfindlichkeit auf Gluten oder (anderen) Weizeninhaltsstoffen einher. Wurden Zöliakie und Weizenallergie als Ursachen ausgeschlossen, erfolgt die Diagnose über Besserung der Beschwerden durch glutenfreie Ernährung.
Wurden Zöliakie, Gluten-/Weizensensitivität und Weizenallergie ausgeschlossen, kommt auch das Reizdarmsyndrom als Ursache solcher Beschwerden in Betracht. Dabei können bestimmte Lebensmittelinhaltsstoffe - sogenannte FODMAPs, die unter anderem auch in Getreide vorkommen - dem Darm Probleme bereiten.